中央一号文件提出“抓好农村重点改革任务”，并在农村的行政管理、土地规划、财政运行等多方面作出了改革部署。
当前，我国农业农村管理涉及许多非农部门，需要在部门之间通力合作，以解决某些重大基础性问题。由于多种原因，目前的跨部门协调机制尚未很好实现这个目标，行政区划制度、土地规划管理体制、财政运行体制都存在与农业农村发展不相适应的问题，亟待加强协调与统筹。
行政区划制度与农业农村发展不相匹配。经过几十年改革开放，我国农业从业人员大幅度减少，城乡人口布局发生重大变化，现有城乡行政区划制度已经不适应农业农村发展的要求。谁是农民、哪一类居民点是城市，现有的概念并不清晰，由于缺乏判断标准，政策指向性容易失准，导致行政效率低。在实践中，政府的一部分支农资金难免给了与农业已无瓜葛的人群；有的支农项目其实部署在城市，还有的农业综合园区建设其实是城市建设或城市功能区的延伸；有的小型村庄按类似城市标准安排公共服务投入，造成了很大浪费。同时，因为区划概念问题，一些反映国民经济基本结构的数据难免失真。例如，我国的城市化率可能被低估，因为我国一些大的村级居民点或其连片区域已经与农业无关，实际上是新崛起的小城市；中国城乡居民收入差距也可能被高估，因为大量集体经济组织成员实际上是低收入的城市居民，而一些城市居民却是规模化农业的经营者。
土地规划管理体制与农业农村发展有待更好衔接。按城市建成区的土地利用总量做平均计算，我国城市建设用地的利用效率(单位土地面积的GDP产出)显著低于发达国家；如果单算我国城市建成区工商用地总量的GDP产出，效率更低。这说明我国农地保护的成效并不显著，因为城市化用地效率低意味着多占了农地。尤其值得注意的是，城市土地利用效率很低，但城市居民的住宅建设用地占建设用地的比例却显著低于发达国家，居民区用地的容积率很高，由此带来了城市房价上涨、城市财政关系扭曲、“土地的城市化”与“人的城市化”不相匹配等一系列后果。土地规划管理领域还普遍存在不同机构之间互相“打架”的情况。国家发布的全国土地功能区规划，需要与地方用地规划衔接起来。地方建设用地使用中，实际可利用土地资源的概念与规划概念完全是两回事，这为我国的农业发展增添了不少困难。按单季农业生产比较，我国农业地租率是欧洲的2到3倍，租期也比较短，对家庭农场的成长十分不利。我国农村耕地向规模化利用方向转变相对缓慢，地租率下降难，均与土地规划方面的不足有关。
财政运行体制与农业农村发展不相协调。从单位农地面积的财政支农水平看，我国财政支农的力度不比美国小，但效果不尽人意。首先，支农资金比例需要符合农业发展规律，而现行财政运行体制的做法却是按各级行政区的划分下拨资金。对农业农村发展的财政支持需要适度均衡，但这主要体现在改善社会平等状况的一般性公共财政，在支农资金的分配上必须更多考虑农业发展要求。其次，财政支农的名目太多，中央加地方实施的项目保守估计在百种以上。最后，最重要的农业科技投入也存在体制性问题。30余所农业大学实际使用的经费，大幅超过各级农业农村部门的农业科技推广支出。
农业农村现代化滞后是我国高质量发展的一大短板，而改革则是加快补上‘三农’发展短板、推动乡村全面振兴的重要动力。只有统筹兼顾，让各方面的政策协同配合，才能为农业农村现代化建设提供系统支撑。
在行政区划上，应建立更合理的城乡区划制度。按发达国家的经验，较为合理的办法，是以主要按居民点的人口规模为标准来区分城乡。做好这项工作，涉及城乡建设、人口管理、国土资源及统计等多个部门，单靠农业农村主管机构难免力不从心。目前我国县级行政区平均规模过小，政府行政成本过高，可以考虑大规模合并规模过小的县级行政区，并将其直接归省级行政区直辖，与一般设区市并列。发展壮大与农业农村直接关联的县级行政区，是我国实现城乡融合发展的关键所在。
在土地规划管理上，应进一步解放思想，增强统筹协调能力。我国近150亿亩国土大略可分为限制开发用地(各类保护区)、农业开发用地与非农开发用地，其中限制开发用地的一部分可以在严格参数控制下用于农业生产。应将国家的土地用途管理手段分为指令性参数与引导性参数，建立中央、地方和土地使用主体三者之间的权利协调系统，以稳定各类土地使用主体的土地用途预期和投资积极性。需要建立将村庄和部分道路包括在内的农业保护区，实行特别的村庄用地管理政策，在政策上彻底解决各种名目的建设活动对农用地的蚕食。我国有条件划出25亿亩到28亿亩的农业保护区。此外，主要建设用地使用权限划给地方政府，将农业保护区和其他各类保护区以外的土地的使用权限一并划给市县政府，以参数管理替代指标管理，扩大市场调节作用。我国有条件划出10亿亩左右的这类土地。从经济发达国家经验看，在管理参数设置合理的前提下，可以产生紧凑型城市建设格局，地方政府与土地开发企业并不会铺摊子乱占土地搞建设。10亿亩建设用地的一半有望成为森林和都市农业用地。
在财政上，应围绕家庭农场与合作社增收调整财政运行机制。农业农村发展的核心目标是提高我国农业竞争力，增加农业从业家庭的收入。实现这个目标，一是要让适度规模经营的家庭农场成为农业经营主体，二是要让现代农民合作社实现跨地区经营，把合作社做大、做强。财政支持家庭农场的标准要按销售额来衡量，不能以土地规模为标准，例如，以现阶段的家庭农场运营情况，可以将农产品销售额是否达到20万元人民币为标准。小农户的转型应与财政的非农就业支持结合起来，与财政支农政策逐步脱钩。为支持巨型农民合作社发展，要改变按行政区划扶持合作社的办法，以合作社实际营销额作为财政支持的依据。农业大学系统应与政府的科技推广系统统一起来，并归口农业农村部门协调管理。这些变革均涉及财政运行机制的某种调整，单靠农业农村部门无法操作。
探索建立跨部门的大农业管理机制。目前，一方面农产品市场的对外开放度不断增加，另一方面农业生产的成本难以下降，这样的节奏值得警惕。开放是大趋势，政策选择只能是降低农业成本，提高我国农业的国际竞争力。实现这个目标，需要建立“大农业”概念，以方方面面的力量集中解决农业高成本难题。通过行政区划制度、土地规划管理体制与财政运行体制的适应性改革，支持农业效率的提高，应该成为这一轮综合改革的重要内容。