（1）农业种养过程可能产生的危害。包括因投入品不合理使用或非法使用造成的农药、兽药、硝酸盐、生长调节剂、添加剂等有毒有害残留物，产地环境带来的铅、镉、汞、砷等重金属元素，石油烃、多环芳烃、氟化物等有机污染物，以及六六六、滴滴涕等持久性有机污染物。
（2）农产品保鲜包装贮运过程可能产生的危害。包括贮存过程中不合理或非法使用的保鲜剂、催熟剂和包装运输材料中有害化学物等产生的污染。
（3）农产品自身的生长发育过程中产生的危害，如黄曲霉毒素、沙门氏菌、禽流感病毒等。
（4）农业生产中新技术应用带来的潜在危害。如外来物种侵入、非法转基因品种等。