资源开发、利用和保护相结合原则 对资源不仅要合理利用，还要积极的保护，对可更新资源合理利用与增殖，对不可更新资源合理利用与保护，只有这样，方不致于对资源的开发利用消耗超过资源再生速度，使资源得到永续利用。
因地制宜的原则 农业生态系统的生态环境具有多样性和地域差异性，各地区的农业生态设计和配套技术，生态农业的建设不可能是相同的，必须根据当地具体生态环境特点、自然条件和社会经济条件，选择农民群众关心、见效快的项目。扬长避短，发挥地区优势，制定规划，发展适合当地特点的类型和模式。
多业结合、集约经营原则 生态农业必须是多业结合，包括农业内部的横向联系和农业外部的横向联系，实行集约经营，扬长避短，发挥优势。